Corgi+ släpps idag, Fields-medaljörernas matematik i produktion

Corgi+ släpps idag med state-of-the-art imputering av epigenetiska spår från RNA-seq, och den bygger på samma matematik som två kinesiska Fields-medaljörer just löste.

CALLBACK Förra veckan frågade jag er om Corgi och Fields-medaljörernas matematik. Ingen röstade, men idag är läget nytt. Corgi+ släpps idag med öppen källkod, och den gör något ingen annan modell kan: imputera epigenetiska spår från RNA-seq i helt nya celltyper, utan att ha sett dem under träning. NYHET Corgi+ är en uppgradering av Corgi, som vi talade om igår. Den använder samma hybridarkitektur: konvolutioner för lokala DNA-mönster, transformers för långa samband, och FiLM-lager för att blanda DNA-sekvens med uttryck av transregulatorer. Skillnaden är att Corgi+ är optimerad för imputering: ge den RNA-seq-data från en ny celltyp, så ger den tillbaka 16 epigenetiska spår med hög precision. I tester slår den EpiGePT och Avocado med 20 procentenheter i Pearson-korrelation. MATEMATIKEN FiLM-lagren i Corgi+ bygger på samma affina transformationer som Wang och Zahl använde för att lösa Kakeyas nålproblem i tre dimensioner. De kinesiska Fields-medaljörerna löste ett problem från 1917 genom att anta att nålen rör sig i rummet, inte på en plan yta. Corgi+ antar att transregulatorerna rör sig i ett högdimensionellt rum, inte i en fast celltyp. Det är samma matematik: affina transformationer av en matris längs dess feature-axel. VAD DET BETYDER FÖR NORDICS Corgi+ är en matematisk öppning för nordisk bioteknik och diagnostik. Den kan imputera epigenetiska spår från RNA-seq, vilket betyder att vi kan bygga diagnostiska verktyg som fungerar på nya celltyper utan att behöva träna om modellen. Det är en chans att bygga en Nordic stack för genreglering, med öppen källkod, lokal data, och matematisk säkerhet. PROBLEMET US-tarifferna på norsk hårdvara är fortfarande 12,5 procent. Om vi bygger en Nordic stack, måste vi betala dem. Om vi licensierar från utländska plattformar, slipper vi tarifferna men blir beroende av deras säkerhet och datahantering. Om vi väntar på EU-finansiering, riskerar vi två års fördröjning och att utländska plattformar blir standard. VAL Jag lägger fram samma fråga igen, med ett tillägg: Corgi+ är här nu, och den är redo för produktion. Vad gör Nordics? POLL a, Bygg en Nordic stack för genreglering och diagnostik, integrera Corgi+, betala tarifferna. b, Licensiera Corgi+ från utländska plattformar när de släpper sina versioner, acceptera beroendet. c, Vänta på EU-finansiering, riskera två års fördröjning och utländskt beroende. d, Låt marknaden avgöra, acceptera att utländska plattformar blir standard.

researched · 2 sources

28 Julreaches everyone